Riassunto:
Lawrence III, un collezionista di Pokémon, vuole impossessarsi del Pokémon leggendario Lugia. Per compiere la sua missione, Lawrence III ha bisogno di Moltres, Zapdos e Articuno. Moltres viene catturato per primo, e rimane prigioniero nella nave di Lawrence.
Mentre Ash, Tracey e Misty viaggiano per le Isole Orange, si incominciano a vedere segnali che promettono una forte tempesta. La nave si arena sulla spiaggia di Shamuti e alcuni isolani vestiti con abiti tradizionali invitano i tre ragazzi a partecipare ad una loro tradizionale cerimonia che avverrà il giorno stesso. Durante la cerimonia una ragazza di nome Melody comincia a danzare e a suonare con il suo flauto. Scende dal palco e recita ad Ash una poesia riguardo la “Prescelta Creatura”, colui che raccoglierà tre leggendarie sfere che riunite placheranno i tre titani del Fuoco, del Ghiaccio e del Fulmine. Ash, tutto ansioso, decide di partire subito all'azione con la barca con cui è arrivato a Shamuti. Raggiunta l’Isola del Fuoco, il tempo cambia ancora ed imperversa una tempesta. Ash scende dalla barca e corre, condotto da Pikachu, verso le antiche rovine dove si trova la prima sfera.
A Biancavilla nel mentre, il Prof. Oak è allarmato dalle condizioni meteorologiche e spiega che un fiume subacqueo, formatosi dall’unione delle forze del fuoco, del ghiaccio e dei fulmini sta attraversando gli oceani scombussolando le direzioni delle correnti marine e in generale, il clima della Terra. Vedendo che il tempo è peggiorato, Melody s’imbarca sulla nave di sua sorella insieme a Misty e Tracey per salvare Ash. Dopo aver attraversato molte difficoltà, Melody, Misty, e Tracey approdano finalmente all’isola dove si trovano Ash e Pikachu. Nel frattempo, mentre Ash intasca la sfera, Zapdos arriva volando, e scatena una tempesta di fulmini. Zapdos, da quando Moltres è sparito, si è impossessato dell’Isola del Fuoco e ora la sta proteggendo dai suoi invasori. Zapdos inizia a lanciare una grande tempesta di fulmini, ma scopre che la sua elettricità viene assorbita dalla nave di Lawrence, che sta progettando la sua cattura.Prima lo indebolisce e poi lo cattura con facilità.
Anche Ash, Misty, Tracey e Melody vengono però catturati, portati all’interno della nave di Lawrence III e rinchiusi in gabbia. Ash non ha intenzione di stare a guardare e, con l’aiuto dei suoi Pokémon, libera Moltres dalla sua prigionia. Moltres dà fuoco la gabbia di Zapdos, in questo modo i due Pokémon scappano. Lawrence III è impegnato nella cattura di Articuno che gli riesce impossibile, visto che si è unito agli altri due Volatili Leggendari. Tutti e tre gli uccelli iniziano a distruggere il vascello di Lawrence III e a colpirsi a vicenda. La nave cade a pezzi nell’Isola del Fulmine.
I ragazzi approfittano per abbandonare la nave e Ash raccoglie la Sfera del Fulmine. Nel mentre che scappano un ciclone appare dalla superficie acquatica. All’interno del ciclone acquatico c’è Lugia che conduce i ragazzi all’Isola Principale dove si trova il santuario nel quale la Creatura Prescelta riunirà le tre Sfere del Fuoco, del Fulmine, e del Ghiaccio. Intanto, anche Lugia si unisce alla lotta contro gli Uccelli Leggendari. Loro però sono in maggioranza, e più potenti di lui, che precipita sconfitto nell’oceano. Melody non sa cosa fare per aiutarlo perciò suona il flauto. La canzone di Lugia, suonata dal flauto ha poteri curativi e magici, che fanno risorgere Lugia. Lugia spiega ad Ash che solo il Prescelto deve prendere la terza sfera mistica, la Sfera del Ghiaccio. Ash capisce che la Prescelta Creatura della leggenda è proprio lui, e sarà lui a conquistare l’ultima sfera. Costruisce allora con una lastra ricurva di metallo una specie di slitta utilizzando il suo Charizard come traino. I tre uccelli appena si accorgono di Ash che si sta avvicinando all’Isola del Ghiaccio, lo attaccano. Charizard riesce a deviare molti attacchi ma Articuno crea un muro di ghiaccio che interrompe la corsa della slitta. Il Team Rocket si avvicina ad Ash a bordo di un gommone a motore.
I tre hanno deciso di aiutare Ash e raggiungono l’Isola del Ghiaccio, dove Ash ottiene l’ultima sfera. Lugia arriva in soccorso di Ash dicendo di montargli in groppa per una rapida cavalcata verso il Santuario Principale. Il Team Rocket si aggrappa ai piedi di Lugia, ma capendo di intralciarlo, si lasciano cadere nell’acqua ghiacciata. Lawrence colpisce all’improvviso Lugia, che essendo già ferito dai costanti attacchi di Zapdos e Moltres, lancia con rabbia potenti raggi addosso alla nave volante, distruggendola totalmente. Lugia però è sfinito e si lascia cadere negli abissi acquatici, trascinando Ash con sé. Misty avverte il pericolo e s’immerge nelle acque gelate portando in salvo Ash. Il giovane si riprende e ricomincia a respirare. Si dirige determinato al santuario da solo. Poggia la Sfera del Ghiaccio nel santuario dal quale un liquido verde vitale sgorga e si diffonde in tutto il mondo, ristabilendo il clima. I tre Uccelli Leggendari e il Custode delle Acque Lugia risorgono e tornano in pace alle loro rispettive dimore.
